Nhìn chung, các loài du nhập lại dễ dàng xâm nhập và chiếm lĩnh các nơi cư trú mới và thay thế các loài bản địa. Một trong những lý do quan trọng là ở nơi cư trú mới chưa có các loài thiên địch của chúng như các động vật ăn thịt, các loài côn trùng và các loài động vật ký sinh, vật gây bệnh. Ví dụ như khi thỏ được mang đến châu Úc chúng phát triển đến mức không kiểm soát được, ăn hết các loài cỏ bản địa bởi vì không có một cơ chế tự nhiên nào hữu hiệu để kiểm soát và khống chế sự phát triển của chúng.

Có thể coi các loài du nhập cư là mối đe dọa nghiêm trọng nhất đối với các loài sinh vật bản địa. Sinh vật ngoại lai xâm hại đã có tác động không nhỏ đến kinh tế - xã hội[3] vì tác hại gây ra bởi nơi cư trú bị tàn phá, bị chia cắt hay bị ô nhiễm còn có cơ hội phục hồi, nhưng một khi loài du nhập đã định cư tốt tại một nơi nào đấy thì việc tách chúng ra khỏi quần xã là điều không thể làm được ví dụ ốc sên và ốc bươu vàng du nhập vào Việt Nam và đang gây hại cho cây trồng. Các loài du nhập có thể phát triển đến một số lượng cực lớn và phát tán trên một diện tích rộng, xâm nhập sâu vào quần xã khiến cho việc loại bỏ chúng trở nên cực kỳ khó khăn và tốn kém.

Một nguyên nhân khác khiến các loài nhập cư phát triển mạnh là bản thân vùng sống của chúng được mở rộng trong lục địa do chúng thích nghi tốt với môi trường bị thay đổi. Tại phía Bắc châu Hoa Kỳ, việc chia cắt các cánh rừng, phát triển các vùng ngoại ô và sự tiếp cận dễ dàng với rác thải đã cho phép các loài như sói nhỏ, cáo đỏ, chim cắt, chim mòng phát triển với số lượng lớn. Các loài ăn thịt này đã phát triển và lấn át các loài bản địa có tính cạnh tranh kém hơn và không chống trả được kẻ thù. Một số loài động vật ăn thịt khi vào môi trường mới thì gặp thuận lợi, nơi nhiều động vật nhỏ chưa biết cách đối phó với kiểu săn mồi của chúng, những động vật bản địa chưa có kinh nghiệm phát hiện ra chúng và chiến thuật rình mồi của chúng.

Các loài nhập cư đôi khi là các loài có quan hệ gần gũi với các loài bản địa do đó các loài nhập cư này được lai ghép với các loài bản địa, thì các hệ gen độc nhất của loài bản địa có thể bị loại trừ khỏi các quần thể địa phương, sự khác biệt về hình thái trong các con lai có thể trở nên không rõ ràng. Ví dụ như khi các loài cá hồi bản địa phải đương đầu với các loài cá thương mại. Tại miền Tây Bắc châu Hoa Kỳ, khi khu vực sống của loài cá hồi Apache (Oncorhynchus apache) bị thu hẹp lại do nơi cư trú bị phá hủy và các loài cá cạnh tranh khác được du nhập vào. Loài này đã lai với loài cá hồi cầu vồng (O. mykiss), là loài cá mới du nhập nuôi phục vụ cho mục đích câu cá thể thao.

Tại Úc người ta rất lo lắng trước đại dịch thỏ đang tàn phá môi trường và hoa màu ở nước Úc. Do trên lục địa có rất ít loài thú ăn thịt kiềm chế sự sinh sôi của thỏ do đó thỏ là một trong những loài phá hoại chính ở Úc. Ngày nay, người Úc đã tạo ra một loại virus chuyển gene khiến thỏ cái bị vô sinh bằng việc lựa chọn được gene ZPC của thỏ để chuyển vào virus myxoma nếu virus có thể làm vô sinh 70-80% số thỏ cái hoang dã, mật độ dân số của loài này sẽ giảm xuống mức tương đương với ở châu Âu và trở thành loài gây hại không đáng kể. Ngay cả khi tỷ lệ thành công chỉ là 50%, thì đại dịch thỏ cũng sẽ chấm dứt.[4]